Nel 1940 inizia il conflitto mondiale, il rione Luzzatti che è adiacente all'area industriale diviene un bersaglio continuo delle incursioni aeree degli alleati. Il 15 e 17 luglio del 1943, un bombardamento a tappeto effettuato sull'area industriale di Napoli ridussero l'intera zona ad un cumulo di macerie. La chiesa, la casa canonica e il cancello 49 furono ridotti in rovine.
Alla fine della guerra il rione Luzzatti era completamente disabitato, l'area fu requisita dalle forze d'occupazione ed utilizzata per la raccolta delle macerie.
Nel 1945 gli abitanti cominciarono a ritornare alle loro case o a ciò che rimaneva di esse. Nella foto è ripreso un momento di festa durante la ricostruzione dei fabbricati del cancello 49. La chiesa ha l'ingresso murato.
Nel 1950 la ricostruzione del rione Luzzatti si può dire già completata. Anche la casa canonica risulta ristrutturata, mentre la chiesa, resa agibile più per necessità che per perizia, è priva dell'intonaco, e manca del campanile, lo testimoniano le due campane alloggiate nel finestrone frontale della facciata.
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